Középiskolai tanulmányait szülővárosában, Sopronban, a jezsuitáknál végezte. Onnan lépett be a trencséni újoncházba. A két év próbaidő után Leobenben elvégezte a tanárképzőt. Grazban kezdte el a bölcseleti tanulmányokat. Elsőéves hallgató volt, amikor 1773-ban a pápa feloszlatta a Jézus Társaságát. Ekkor a győri egyházmegyébe kérte felvételét. 1777. március 29-én szentelték pappá. Egyházi pályafutásában volt rátóti prépost, kanonok, győri nagyprépost. A császár királyi magyar novi (Bosznia) püspökké nevezte ki, de a pápai elismerést nem kapta meg. Udvari tanácsos és a főiskolai ügyek igazgatója lett. 1822-ben a királyi kancelláriában az egyházi és vallási ügyek előadójává nevezték ki.
Neve szorosan összefonódik a Pannonhalmi Főapátsági Könyvtár Jesuitica-gyűjteményével: fiatalkorától gyűjtötte mindazt, ami a volt jezsuita rendet érintette. Így nagy levéltári anyag jött össze, ami azért is fontos, mert a feloszlatáskor a császári hatóságok Bécsben lefoglalták a tartományfőnökség levéltárát, ahonnan kiszedték a birtokjogot érintő iratokat, a többit pedig eladták egy papírmalomnak, ahol az a zúzdába került. Paintner halála előtt nagy gyűjteményét a Pannonhalmi Főapátságra hagyta azzal a kikötéssel, hogy ha a jezsuita rendet visszaállítják Magyarországon, az egész hagyatékot át kell adni nekik. A győri káptalan azonban hagyatéki pert indított, amelyet megnyert. A pannonhalmi főapát megvásárolta tőle az egész gyűjteményt, amely így ma is Pannonhalmán áll a kutatók rendelkezésére.
Paintner Mihály
1753. szept. 6. Sopron. Nyelv: magyar, német. SJ 1769. okt. 17. Trencsén. Psz. 1777. márc. 29. †1826. szept. 22.