Előzmények

Az egyházi hagyomány szerint már Szent István király parancsára templomot építettek a mai Szentháromság téren Budán, de ha létezett is, a tatárjárás idején megsemmisült. 1247-ből származik az akkor még épülő templomról szóló első írásos emlék. Később itt koronázták meg Károly Róbertet, Mátyás király pedig mindkét házasságát itt kötötte. Az ő uralkodásának idejében az épület jelentősebb bővítésen ment át. Amikor Budát a törökök 1541-ben elfoglalták, a város legnagyobb templomát muszlim imahellyé alakították. Az elsőpénteki imán, amelyet a hódítók az épületben tartottak, Szulejmán szultán is részt vett. 

A szövetséges keresztény csapatok 1686. szeptember 2-án foglalták vissza Buda várát, s mivel az ostrom alatt alig érte kár, a győzelemért bemutatott hálaadó szentmisét (Te Deumot) szintén a Mátyás-templomban mutatták be. Annak igazgatása előbb a ferencesek kezébe került, majd Széchényi György esztergomi érsek a templom használati jogát a Budán megtelepedő jezsuitáknak adta, akik a város plébániájának vezetését is megkapták. 

Jezsuita kézen

Az eredeti középkori templomot, melyet csekély mértékben a törökök is módosítottak, a jezsuiták barokk stílusban állították helyre, a következő évtizedekben a felújítások, átalakítások során egyre inkább megváltozott. A középkori homlokzat eredeti karakteréből csak a Mátyás-torony néhány meghagyott ablaka őrzött meg valamit. 

Esterházy Pál nádor 1690-ben építtette föl az új barokk főoltárt, 1696-ban Pálffy Miklós tábornok előcsarnokot építtetett a főkapu elé, ugyanebben az évben Mátyás tornyát már barokk hagymasisak koronázta. 1707-re alakult ki a Loretói kápolna. 1719-ben toronyórát kapott, nem sokkal később felépítették oldalkápolnáit, és a Menyasszony-kapu helyén az új sekrestyét.

1723-ban Buda városában óriási tűzvész pusztított, a templom és a mellette álló épületek is súlyos károkat szenvedtek. A tűz megolvasztotta harangjait, elpusztította orgonáját, bedöntötte oromzatát, bezúzta boltozatait és a déli harangtorony sisakját is, amelynek helyére 1737-re már egy kettős hagyma alakú barokk sisakot építettek. 1748-ban villám sújtotta: tönkrement főoltárát csak 1760-ban sikerült pótolni.

Jezsuita jelenlét Budán

1688–1702 között a temlom északi oldalához kollégiumot, déli oldalához pedig 1702–1714 között háromemeletes szemináriumot építtettek. Így a mai Hilton szálloda, a Mátyás-templom és a Szent István lovasszobor előtti tér egyetlen épülettömböt alkotott a jezsuiták birtokában. Nem véletlen, hogy a Halász-bástya melletti feljárót Jezsuita lépcsőnek nevezték el, s ma újra így hívják.

Buda egy másik fontos és a városképet is meghatározó temploma szintén a jezsuitákhoz kötődik. A Víziváros plébániatemplomát, a Batthyány téri Szent Anna templomot ugyanis a jezsuiták építtették 1740–65 között, miután az általuk 1723 óta ellátott plébánia korábbi temploma kicsinek bizonyult.

Miután XIV. Kelemen pápa 1773-ban feloszlatta a jezsuita rendet, a Mátyás-templom Buda városának fennhatósága, kegyurasága alá került.